臥式噴霧干燥設備由于體系龐大，不能整體都放在潔凈區域，經常只將收集物料的部分放在潔凈區，這種情況下就要求系統密閉性能好，以防外部污染系統。臥式噴霧干燥設備噴霧干燥的產品為細粒子，容易形成粉塵。為適應環保的要求，只用目前常規配置的旋風分離器分離產品、凈化尾氣是不夠的，還可以加用袋式除塵器凈化，使尾氣含塵量低于50毫克/立方納米氣體即可達標;或選用濕式洗滌器，將尾氣含塵量降到15～35毫克/立方納米氣體。采用氮氣做載體時，系統要注意密閉，排氣口要引到室外。